微生物多样性检测（Microbial diversity）
环境微生物多样性检测，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究，通过对核糖体RNA高变区域（比如16S/18S/ITS等序列）或功能基因（如古菌的氨氧化基因等）进行PCR扩增和测序，然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律。
基因组重测序（Re-sequencing）
使用的Illumina Genome Analyzer平台只需要极少量的样品，便可对数量有限的保存组织、拟胚体、小的模式系统和难以培养的生物进行测序。
表达谱测序
基因转录水平的研究是功能基因组学和医学研究的基础。数字基因表达谱利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术，通过全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况。
动植物基因组测序（de novo测序 进化分析 基因组图谱）
动植物基因组de novo测序也叫做基因组从头测序，是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组进行测序，然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接和组装，最终获得该物种基因组序列图谱。
高通量测序包RUN
MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术，它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪，每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。